Joniškio evangelikų liuteronų parapijos įkūrimo datą sunku nustatyti, nes gaisro metu sudegė dokumentai. Yra žinoma, kad 1807-1817 m. Joniškio kunigu buvo Fridrichus Wilhelmus Sikubovius. Parapijos įsteigimą ir pirmos bažnyčios statymą tektų nukelti gal į XVII a. antrąją pusę. 1847—1848 m. grafas Julius von Medem ir baronas Julius von Frank pastatė antrą bažnyčią. 1862 m. parapijai priklausė 1600 parapiečių. Nepriklausomybės metais parapijos klebonu buvo kun. Erichas Leijeris. Po II pasaulinio karo parapija taip pat veikė; jos klebonu buvo kun. Gustavas A. Rauskinas. Šiuo metu ją aptarnauja kun. Romas Pukys.